Gerhard Wischer wird 1903 in Berlin geboren. Nach seiner Schulzeit verpflichtet er sich von 1922 bis 1926 als Soldat. Wischer beteiligt sich 1923 am Hitler-Putsch in München. 1926 beginnt er ein Medizinstudium und schließt dieses 1933 ab.
Von 1934 bis 1938 arbeitet Wischer als Assistenzarzt in der Heilund Pflegeanstalt Arnsdorf. 1937 tritt er in die NSDAP ein und wird ein Jahr später Direktor der Heil- und Pflegeanstalt Waldheim. Dort ist Wischer unmittelbar in die nationalsozialistischen Euthanasie-Krankenmorde involviert und beteiligt sich zwischen 1941 und 1943 als Gutachter an den Selektionen in Konzentrationslagern.
Der sowjetische Geheimdienst verhaftet Gerhard Wischer am 15. Oktober 1945. Als Haftgrund ist „Tötung von Kranken“ angegeben. Er kommt zunächst in das Speziallager Nr. 1 Mühlberg und wird 1948 in das Speziallager Nr. 2 überstellt. Dort arbeitet er als Lagerarzt.
1950 erfolgt seine Überstellung in das Zuchthaus Waldheim. Die DDR-Justiz verurteilt ihn in den „Waldheimer Prozessen“ wegen seiner Beteiligung an den Krankenmorden zum Tode. Das Urteil wird am 4. November 1950 vollstreckt.


Wischer wurde am 23. Juni 1950 in Waldheim zum Tode verurteilt. Das Urteil erfolgte im Schnellverfahren. Ein Anwalt oder sonstiger rechtlicher Beistand wurde ihm nicht zur Seite gestellt.