Die Erschießungen gingen auf den sogenannten Kommissarbefehl der Wehrmacht zurück. Demnach sollten alle Staats- und Parteifunktionäre, politische Kommissare und Juden nicht als Kriegsgefangene behandelt, sondern noch an der Front unter Bruch aller völkerrechtlichen Konvention erschossen werden. In den Kriegsgefangenenlagern setzte die Gestapo die Aussonderungen fort. Verdächtige brachte sie zur Ermordung in das nächstgelegene Konzentrationslager.
Um einen reibungslosen Verlauf abzusichern, nutzte die SS in Buchenwald den ehemaligen Pferdestall ihrer Reithalle für eine eigens konstruierte Genickschussanlage. Während der Vortäuschung einer medizinischen Untersuchung töteten SS-Männer die Gefangenen von hinten mit einem Schuss in das Genick. Der Abtransport der Leichname zur Verbrennung in das Krematorium erfolgte in verzinkten Transportbehältern, die dort heute noch – zusammen mit einer Rekonstruktion der Genickschussanlage – besichtigt werden können.
Nach Einstellung der Morde demontierte die SS die Anlage. Das Gebäude selbst wurde vermutlich in der Zeit des sowjetischen Speziallagers abgerissen.